compilar clase

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Hola a todos, os cuento una duda que tengo por si alguien me puede echar una mano, posiblemente sea muy sencillo pero sinceramente no tengo ni idea de Java y es una cosa que no controlo.

Tengo una aplicación funcionando que utiliza javase 1.5.0. El caso es que para monitorizar la aplicación en remoto a través de jconsole al parecer tengo que compilar la clase JMXAdaptorLifecycleListener.java ejecutando la siguiente instrucción: javac -classpath $CATALINA_HOME/server/lib/catalina.jar:$CATALINA_HOME/bin/commons-logging-api-1.1.1.jar $CATALINA_HOME/JMXAdaptorLifecycleListener.java

El caso es que no sé si esto puede romperme algo en la aplicación. ¿Corro algún riesgo?, ¿Debo tener en cuenta algo antes de compilar?

Muchas gracias por vuestra atención

Un saludo,
Andres